Comment la prochaine variante de coronavirus pourrait émerger

Avec Omicron, ces réponses restent un mystère : comment une variante qui semblait si différente de tous ses cousins ​​​​plus âgés est-elle apparue si soudainement ? Comment expliquer son fouillis de mutations, dont beaucoup avaient rarement été vues dans des variantes d’intérêt ?

« Lorsque cette séquence virale a commencé à apparaître, il m’était vraiment difficile d’imaginer que cela décollerait », a déclaré Mehul Suthar, virologue à l’Université Emory.

Les virus changent tout le temps, souvent de manière à nuire à leurs chances de survie. Mais de temps en temps, ces mutations peuvent jouer en faveur du virus.

Attraper ma dérive?

Le virus que vous éternuez ou toussez peut être très légèrement différent de celui qui vous a infecté.

C’est parce que les virus mutent – en particulier lorsque leur code génétique est composé d’ARN, un proche cousin de notre ADN.

« Alors que le virus se reproduit, il y a des erreurs dans la reproduction de son code », a expliqué le Dr Mike Ryan, directeur exécutif du programme d’urgence sanitaire de l’Organisation mondiale de la santé, lors d’un briefing en mars. « La plupart de ces erreurs se traduisent par un virus qui n’est pas compétent ou qui meurt tout simplement. »

Mais rarement, ces accidents peuvent donner un avantage au virus. Peut-être devient-il plus contagieux. Ou peut-être devient-il meilleur pour échapper à notre immunité.

Sarah Cobey, professeure agrégée d’écologie et d’évolution à l’Université de Chicago, expliqué dans un éditorial dans le New York Times cette semaine que la transmissibilité du coronavirus atteindra un plafond – éventuellement. Cependant, il n’arrêtera probablement pas d’évoluer d’une manière qui contourne notre réponse immunitaire.

Mais toutes les mutations ne se produisent pas de la même manière.

« Avant Omicron, je pense que la plupart des gens dans le domaine diraient que nous verrions une fuite immunitaire grâce à l’accumulation de ces mutations une par une », a déclaré Cobey à CNN.

Au fil du temps et au fil de centaines d’infections, les virus en circulation s’éloignent de plus en plus de leurs ancêtres sur l’arbre évolutif. C’est un processus connu sous le nom de dérive antigénique.

Cependant, bien que cela puisse expliquer des variantes qui apparaissent plus proches sur l’arbre évolutif – comme Omicron et sa ramification BA.2 – cela n’explique pas comment Omicron est apparu en premier lieu.

« Omicron a pris tout le monde par surprise », a déclaré Cobey.

Marietjie Venter, professeur au Département de virologie médicale de l’Université de Pretoria en Afrique du Sud, a déclaré qu’il était peu probable qu’un « changement lent » ait conduit à Omicron.

Cela signifierait que le virus a évolué progressivement dans une population qui n’était pas surveillée. Et l’Afrique du Sud, où bon nombre des premiers échantillons d’Omicron ont été identifiés, dispose d’un bon programme de surveillance, a-t-elle déclaré.

Ainsi, il aurait été difficile pour une variante comme Omicron de se faufiler lentement. Au lieu de cela, son apparition semblait curieusement abrupte.

« Delta a presque disparu, et puis tout à coup, nous avons vu Omicron qui était complètement différent », a déclaré Venter.

Changement de vitesse

Dans certains cas, les virus ne dérivent pas ; ils se déplacent.

Le « changement antigénique » est un changement plus dramatique qui peut se produire, par exemple, lorsque des virus chez les animaux se retrouvent chez l’homme ou lorsque deux souches infectent la même personne et échangent des gènes.

Des exemples de ces derniers incluent de rares cas d’un virus hybride contenant des segments de gènes Delta et Omicron.

Des chercheurs d’Helix, une entreprise dont les tests Covid-19 ont permis de suivre un certain nombre de variantes, identifié une poignée d’infections combinées Delta-Omicron aux États-Unis parmi près de 30 000 échantillons de coronavirus de fin novembre à mi-février, lorsque les deux variantes circulaient.

Parmi ces échantillons, les chercheurs ont identifié 20 cas dans lesquels des personnes avaient été infectées par les deux variantes en même temps. L’un de ces échantillons a montré des preuves que les variants avaient échangé des gènes, bien qu’à de faibles niveaux. De plus, les chercheurs ont trouvé deux cas non liés dont les infections provenaient de virus hybrides.

« Il n’y a actuellement aucune preuve que les deux virus recombinants Delta-Omicron identifiés soient plus transmissibles entre les hôtes que les lignées Omicron en circulation », ont écrit les chercheurs.

« Nous n’appelons pas cela Deltacron », a déclaré Maria Van Kerkhove, responsable technique de l’OMS sur Covid-19, lors du briefing de mars. « Ce n’est pas la terminologie que nous utilisons. »

À l’époque, Van Kerkhove a déclaré que cette combinaison semblait circuler « à des niveaux très bas », mais elle a mis en garde que nous devrions tester davantage pour obtenir une image plus claire de sa prévalence et de sa propagation – ou de son absence.

Pourtant, la capacité d’échanger des gènes a entraîné la réémergence de plusieurs virus, principalement la grippe.

Le matériel génétique de la grippe est composé de plusieurs segments d’ARN qui peuvent aller et venir lorsque deux virus co-infectent la même cellule. C’est ce qu’on appelle le réassortiment.

Mais le coronavirus « peut en fait faire quelque chose qu’il est encore plus difficile pour nous de comprendre », a expliqué Cobey, faisant référence à un processus d’échange de gènes appelé recombinaison.

Contrairement à la grippe, le coronavirus a un long brin d’ARN comme code génétique. Lorsque deux souches infectent la même cellule, leur machinerie de réplication peut occasionnellement sauter d’une souche à l’autre. Cela crée des « points de rupture » aléatoires dans son code génétique qui sont cousus ensemble.

Alors que la grippe mélange des cartes entières, dans un sens, chaque coronavirus n’a qu’une seule carte – mais c’est une carte extra-longue, et elle peut être découpée et recollée de différentes manières.

Cela signifie que le virus a « beaucoup plus d’espace évolutif qui peut être exploré assez rapidement », a déclaré Cobey.

Dans l’éditorial, elle et ses co-auteurs décrivent comment nous n’avons peut-être vu que la pointe de l’iceberg en ce qui concerne le nombre de mutations possibles que le virus peut subir et être toujours capable d’infecter les cellules humaines.

Bien qu’il ne soit pas clair si la recombinaison est plus susceptible que d’autres voies de générer la prochaine variante préoccupante, Cobey a déclaré qu’Omicron en particulier a allumé un feu sous les scientifiques pour comprendre ses origines et la véritable ampleur des mutations viables.

« C’est le genre de divergence qui est vraiment difficile à étudier et à anticiper en laboratoire », a-t-elle déclaré.

Le mystère d’Omicron

Aucune explication ne semble correspondre parfaitement à la trame de fond d’Omicron. Mais les experts tournent autour de plusieurs théories qui pourraient expliquer son apparition soudaine l’année dernière.

L’opinion la plus populaire semble impliquer une infection qui persiste longtemps chez une personne immunodéprimée.

« Ils développent en fait des anticorps, mais ils n’éliminent pas le virus », a déclaré Venter, qui préside également l’OMS Groupe consultatif scientifique sur les origines des nouveaux agents pathogènes.
Cela donne au virus beaucoup de temps pour accumuler les modificationspotentiellement ceux qui lui permettent d’esquiver les anticorps de cette personne et d’acquérir une résistance immunitaire.

Une autre théorie est connue sous le nom de zoonose inverse, a ajouté Venter. Cela fait référence aux humains infectant une population animale, où le virus accumule de nouvelles mutations avant de revenir aux humains. (En effet, ce coronavirus s’est largement propagé dans le règne animal.)

Selon les experts, garder une longueur d’avance sur le virus ne consiste pas seulement à anticiper son prochain mouvement. Il s’agit de trouver des moyens d’éviter les menaces et, en fin de compte, d’assurer la durabilité de nos vaccins.

Et il n’y a pas que ce virus.

« La plupart des agents pathogènes qui nous infectent à plusieurs reprises sont capables de le faire car ils échappent à une partie de notre immunité contre les souches infectantes précédentes », a déclaré Cobey.

« L’évolution virale est en fait un vrai problème dans nos vies que nous ne reconnaissons peut-être pas formellement comme tel. »


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